Secondo lo storico A. Leone, il Monastero di Santa Chiara fu fondato dal Conte Niccolò Orsini nel 1350; tale affermazione è, però, inesatta, dopo il ritrovamento di una epigrafe mutila che dimostrò l'errore del Leone. L'epigrafe, ricostruita nei nostri giorni, dal Conte Riccardo Filangieri di Candida, ricorda che: "....nell'anno Domini MCCCI...(manca l'ultima cifra del frammento, e potrebbe essere un anno compreso tra il 1351 ed il 1359) il Magnificus Dominus Nicola (US de Filiis U) RSI, nolanus et palatinus....fieri fecit hoc dormito (RIUM ad honorem) DEI et Eius Genitrix", ed in suffragio della madre Sveva Del Balzo; al margine inferiore, infatti, si notano tre stemmi: ORSINI, DEL BALZO e SABRANO.
Il Remondini, invece, è del parere che Niccolò Orsini, fosse colui che chiese il permesso al Papa, nel 1354, di rinnovare, non di costruire il Monastero, già eretto in precedenza dal Padre, Roberto Orsini, morto prima del 1350, ed a sostegno della sua tesi, porta lo stemma dei Del Balzo (andato perduto) che sorgeva sull'arco della Porta Principale e che, ancora oggi, appare, nella volta dell'abside sulla facciata, all'interno del Chiostro, sempre inquartato con quello degli Orsini. Il Conte Roberto, infatti, sposò Sveva del Balzo e suo figlio, Nicola, sposò Gorizia Sabrano; il Remondini aggiunge che Nicola partecipò all'ampliamento della costruzione, con un vasto salone, adibito, in seguito, a dormitorio delle monache. Il Cenobio Francescano, costruito da Roberto, fu elevato nel luogo dove esisteva una chiesetta intitolata a S. Maria di Jacobi, ed appunto al posto di questa Cappella, con lavori di ampliamento e di trasformazione si arrivò alla costruzione del Cenobio. D'altra parte la Chiesa, con il passar dei secoli, aveva subito delle trasformazioni: prima esisteva una piccola Cappella di stile romanico; poi fu ampliata e costruita un'abside e la navata nella parte inferiore, in seguito fu sviluppata in altezza ed eretto il piano superiore della navata con il lato del porticato del Chiostro aderente la Chiesa. D'altra parte anche l'Architetto Zampino, che nel 1947 diresse i lavori di restauro della costruzione danneggiata dagli eventi bellici del 1943, ammetteva le tre fasi della costruzione del complesso. Il pittore-disegnatore-cartografo, Gerolamo Moceto, eseguì la pianta di Nola (su ordine di A. Leone, suo amico), ed in essa risulta che a destra della Chiesetta si elevava un Campanile alto circa il doppio della Chiesa e del quale, senza quel disegno, non sapremmo nemmeno l'esistenza, poiché non è emerso alcun elemento onde individuarlo. La facciata della Chiesa, secondo il Moceto, era liscia, al di sopra della Porta vi era una finestra di forma rettangolare ed in alto, un'altra finestra circolare. Tutti gli affreschi di Santa Chiara Vecchia, anche quelli andati distrutti, erano opera di artisti minori, che si ispirarono a maestri del tempo. Nel Portico del Chiostrino trecentesco è raffigurato S. Giovanni Evangelista ed il Battista, un affresco del XVIII secolo; sull'architrave una Madonna con il Bambino (Scuola Senese 1390); sotto a sinistra un S. Cristoforo di grandi dimensioni, attribuito a Pietro Cavallini di Roma (1273/1316). Al centro una Crocifissione (1380) tra la Madonna e S. Giovanni, San Francesco e Santa Chiara. Sulla parete a destra, entrando nel Comunichino, si estendeva un polittico rappresentante la MADONNA DELL'UMILTA', con a lato i Santi: Francesco, Chiara, Agnese, Giovanni e Ludovico (o Luigi da Tolosa) a grandezza maggiore del naturale; questo complesso è attribuito a Simone Martini (1283/1344); infatti, ne esiste uno simile nella Chiesa di S. Domenico Maggiore in Napoli. Nella parete successiva, al di sopra del vano della porta, si trovano altri due affreschi: LA SANTA MORIBONDA, con due suore in ginocchio, attribuita a Domenico Oderisi, mentre nell'altro sono rappresentati episodi della vita di S. Chiara (un gruppo di suore oranti) e S. CHIARA che guarisce Suor Benvenuta da una fistola al braccio. Al di sotto ed al lato della porta vi erano tre figure vestite di abiti trecenteschi con il caratteristico cappello a cono; solo quella centrale può essere inividuata per alcune lettere componenti la parola SANTA LUCIA. Sulla terza parete vi è affrescato un Cristo di cui resta solo la testa, con le labbra socchiuse, da un lato, in ginocchio, S. Luigi da Tolosa (Vescovo di Tolosa 1296/97), dall'altro un Angelo che regge un vessillo. Sulle pareti della navata vi sono diversi strati di intonaco che portano tracce di pittura.
La più antica decorazione è costituita da quadretti che incorniciano fiori ed uccelli su fondo giallo e termina in alto con una decorazione di foglie. Queste pitture furono opera degli Orsini, in quanto vi sono gli stemmi della famiglia e quello dei Del Balzo di Nola. Vi erano anche affrescati un Santo Monaco, una Crocifissione, un Arcangelo ed altri dipinti di cui restano tracce e frammenti. Vi era raffigurata, anche, una MADONNA CON BAMBINO, attribuita al Tolentino; appariva anche un grande affresco raffigurante SANTA CATERINA D'UNGHERIA; tra le due una figura dell'Annunciazione, la Madonna in preghiera e l'Angelo; anche questo affresco è attribuito al Tolentino (attribuzione orale della Prof.ssa Costanza Lorenzetti dell'Università di Napoli ed Accademia delle Belle Arti di Napoli). Infine, sul Coro Grande, in una nicchia, fu rinvenuta una Crocifissione, con quattro figure ai lati, opera del 1300 circa (Scuola Giottesca) e, forse, la più pregevole della Chiesa.
Nel 1600, essendo in aumento il numero delle suore, si provvide a costruire dalle fondamenta una nuova Chiesa, più ampia e spaziosa; essa fu compiuta su disegno di illustri artisti ed architetti del tempo, tra questi il Sanfelice; sono, infatti, suoi i due quadri del soffitto (uno firmato), oltre ai due collocati sugli altari minori, e le Statue di S. Gennaro e S. Felice Vescovo, dietro l'Altar Maggiore, dipinte in oro. I quadri attribuiti al Sanfelice sono: un S. Antonio da Padova, ed un ECCE HOMO. Una tavola rappresentante la Resurrezione, di buona fattura, si presume proveniente dalla Vecchia Chiesa; ma il quadro più importante e rappresentativo è il Grande Pannello con i Santi Francesco e Chiara che pregano per le anime purganti, che orna l'Altar Maggiore e costituisce l'opera più notevole del Tempio; quadro che con qualche contestazione è stato attribuito a Battistello Caracciolo (Napoli 1570/1637). Nell'Atrio della Chiesa è infissa nella parete a destra una lapide in memoria della visita fatta alle Clarisse da Pio IX, quando per gli avvenimenti verificatisi nel suo Stato, fu costretto ad abbandonare Roma e chiedere l'ospitalità di Ferdinando di Borbone; detta lapide fu posta ad opera di Suor Maria Crocifissa Palliola, a quel tempo Badessa del Monastero.
Questa Chiesa fu riaperta al culto nell'aprile del 1959 dal Vescovo di Nola Mons. Binni, ma dopo il sisma del novembre 1980, sebbene in qualche modo riassestata, fu definitivamente sconsacrata e nel 1984 concessa, temporaneamente, alla Mostra Paoliniana. Ulteriormente rinnovata negli anni 1990.
interno: particolare