Edificato poco lontano dalle Basiliche dei SS. Martiri, si può dire che la loro vicinanza abbia spinto il Loffredo, devoto al Santo di Paola, ad erigere il Convento in Cimitile. Venne eretta così la Chiesa, a tre navate, in stile barocco, su disegno di un grande quanto misterioso artefice. Ma la fortuna che aveva sorretto in un primo tempo, Loffredo, lo abbandonò; infatti, dissesti finanziari, malattie, ed altre sventure, fecero in modo che il fabbricato non fosse portato a termine, secondo il disegno iniziale, rimanendo incompiuti il coro e la cupola. Il Monastero, invece, in fase più avanzata, era stato dotato di un seminterrato ed un piano terra, con tutti i servizi, compreso la cucina, il refettorio ed il dormitorio al primo piano. Con l'edificazione del secondo piano, l'edificio risultò alto circa venti metri, per la lunghezza di circa quaranta metri; il Chiostro rettangolare misurava metri trenta per venti, con al centro una grande cisterna in marmo, con carrucola ed archi di ferro battuto per attingere acqua. La costruzione, lasciata incompiuta per la morte del Loffredo, fu ceduta dagli eredi al Generale dell'Ordine dei Padri Minori, padre Valentino Vespolo, che rese in poco tempo agibile tutto il complesso, ed, appunto, i Padri Minori Osservanti, furono i primi ad occuparlo, indi vennero i Minori di San Francesco di Paola, nel 1587, con il Padre provinciale di Napoli, Stefano Sanseverino.
Il Monastero ospitò sempre dai 10 ai 15 religiosi, tra sacerdoti, chierici, conversi, ecc. I padri di Cimitile si adoperarono molto, sia per la peste del 1594, che per le eruzioni del Vesuvio, e conseguente inondazione del 1631.
La Fabbrica, però, venne definitivamente portata a termine, soltanto dal Provinciale Napoletano, Padre Antonio Zuccaro, che aveva iniziato il noviziato proprio a Cimitile. Egli rifece la copertura della cupola, rivestì gli altari, allargò la Sacrestia (creando un corridoio coperto) per il passaggio dei monaci nell'accesso alla Chiesa anche in condizioni di tempo avverso e dopo aver eretto una Torre Campanaria alta 8 metri dal tetto del primo piano (raggiungendo così i 20 metri), recintò tutto il terreno (circa 3 moggia), di modo che a lavoro ultimato tutta la superficie recintata o coperta risultava di 2500 metri quadrati. Tutti questi lavori vennero eseguiti dal 1675 al 1685, essendo Vescovi di Nola: Mons. Filippo Cesarini e Francesco Maria Carafa (1704/1737), che riparò i danni apportati dalle eruzioni e nubifragi, molti frequenti al tempo.
Tra gli artisti che operarono nel Monastero, vi fu Antonio Mecchione, già decoratore di molte Sale del Palazzo Vescovile e del Seminario di Nola, ivi chiamato dal Vescovo Troiano Caracciolo del Sole (1738/1764). Nel Monastero di San Francesco, rimangono solo tre sue opere: la prima, in stile barocco, le altre due in "Pompeiano", recanti la firma dell'autore e la data A. D. 1736.
Del 1719 è la grande tela centrale sulla parete di fondo del coro, firmata Paulus De Manchei (un religioso), nella quale è raffigurato San Francesco di Paola, al quale appare San Michele che li consegna uno scudo azzurro, sul quale è inciso CHARITAS, mentre un angelo gli porge un saio.
Due tele, dello stesso stile, sono poste a sinistra ed a destra di questa; altre pitture di ignoto autore adornano le pareti del coro, ed una data spicca sul pavimento: A.D. 1747, indica che il lavoro di rifacimento della chiesa venne compiuto in quell'anno.
L'altare maggiore è del 1700, ed i minori portano, ai lati, 4 statue in gesso, opera di un medesimo ed ignoto autore; a destra Santa Lucia, poi S. Apollonia, a sinistra dell'altare una statua in legno di San Francesco di Paola indi, in gesso, San Vincenzo Ferreri e San Michele Arcangelo. I due altari delle Cappelle laterali sono del 1861; in quella a sinistra si ammira un grande affresco: La Deposizione. Una pietra tombale in marmo serra il sepolcro dei frati del Monastero, dietro l'altare maggiore, con l'epigrafe:
ARAM HANC MARMOREAM
HOCCE SEPULCHRUM
FRATRES MINIMI
IN MONIMENTUM POSUERE
ANNO D.N.I.: MDCCLVI
L'ultimo restauro è del 1853, lo attesta la firma di un pittore: Aniello Cornese.
Dopo l'unità d'Italia, il Governo, che aveva incamerato i beni ecclesiastici di molti Ordini Religiosi, alienò a privati cittadini questi beni. In forza a tali Leggi, il Monastero fu acquistato dall'Onorevole Michele Rossi (di Cimitile), deputato al Parlamento Italiano nel 1863, che adibì tutto il complesso all'allevamento del baco da seta. Il Rossi, che aveva per socio, nell'Azienda, l'industriale Gaspare Lenzi, nominò erede dei suoi beni i figli dell'amico fraterno, più che socio e collaboratore, attuali proprietari.