Lavori in Napoli: tra le prime opere in questa Città vi è la Cona di Sant'Anna del 1508 nella Chiesa dell'Annunziata a Napoli (oggi scomparsa), dove recita ancora il Galante: "... nella sagrestia, stupendo poi è l'armadio in legno in fondo d'oro lavoro impareggiabile del nostro immortale Merliano... in fondo poi è la Cappella con rilievo in legno dinotante la Nunziata in mezzo e giù il Battista ed i Santi Innocenti, pur lavori del Merliani...". Seguì nel 1519 una Statua di S. Matteo con l'Angelo nella Cappella Palmieri Chiesa di S. Pietro in Martire; aveva aiutato il Belverte nella composizione delle 28 figure del Presepe, commissionato dal Carafa nel 1507, in San Domenico Maggiore, Chiesa nella quale eseguirà il Sepolcro di Francesco Carafa, nel Cappellone del Crocifisso. Scolpì nel 1514 nella Cappella di San Giacinto, un Monumento a Galeazzo Pandone (secondo Ferdinando Bologna quest'opera fu eseguita nel 1518/20 in collaborazione col Santacroce). Sua una Crocifissione (del 1517) per i Monaci di Monteoliveto, Chiesa nella quale eseguirà, nel 1532, l'Altare Ligorio. Nel 1520 intaglia un Presepe, in Santa Maria del Parto a Mergellina, su commissione di Iacopo Sannazzaro; dell'opera restano solo 5 figure, mal conservate e deperite: La Vergine, S. Giuseppe, un Pastore con cestello ed un secondo con un agnello, mentre un terzo era in atto di adorazione. Ancora in S. Domenico Maggiore, Cappella della Neve, esegue un Bassorilievo con la Statua della Vergine e San Matteo e nella Cappella S. Giovanni Battista, una Statua del Santo. Restaura e decora (insieme ad altri) Porta Capuana (che era stata costruita nel 1484) con sculture esterne, verso il 1520, in occasione dell'ingresso in Napoli di Carlo Quinto. Ed in seguito lavorerà anche a Castel Nuovo, dove sulla cima dell'arco aggiungerà tre Statue. Nel secondo Chiostro di Monteoliveto scolpì gli intagli ad arco, i quadretti laterali e l'altorilievo in marmo dei "Discepoli d'Emmaus". Del 1520 è anche l'Ecce Homo in legno nella Chiesa di Santa Chiara (ritrovato poi tra i detriti e le macerie della Chiesa nel 1943), dove eseguirà un decennio più tardi un vero capolavoro: Il Monumento Funebre ad Antonia Gaudino, morta a 16 anni il giorno delle nozze; in Santa Maria la Nova: Il retablo di Sant'Eustachio in legno, nella sesta Cappella l'Annunziata, scolpita sull'Altarino, ed in una Cappelletta mediana (della Croce) un Crocifisso in legno sull'Altare (1536). In San Giacomo degli Spagnoli, dietro l'Altare Maggiore, sorge il monumentale sepolcro di Pedro de Toledo, realizzato a più riprese dal Merliano e dai suoi collaboratori (data di collocazione 1540/1570). Su di una larga base, ornata di fregi e festoni, sorgono le Statue: Giustizia, Prudenza, Fortezza e Temperanza mentre, su una seconda base più stretta, i bassorilievi che raffigurano le gesta di Don Pedro: La Vittoria contro i Turchi, contro il Barbarossa a Baia, l'arrivo a Napoli di Carlo V, con la veduta di Porta Capuana. Le figure inginocchiate rappresentano Pedro de Toledo e la moglie Maria. Questa tomba era stata preparata da don Pedro ed affidata al Merliano affinché, alla sua morte, il sepolcro fosse smontato e portato in Castiglia (ove amava essere sepolto); ma essendo morto improvvisamente Don Pedro, in Toscana, nel 1553, il figlio D. Garzia gli fece erigere la Chiesa, dove trasferì e compose le ceneri del padre. Questo sepolcro, che costò al Merliano ed ai suoi collaboratori oltre 20 anni di lavoro, rappresentò un vero e proprio testo di studio per i pittori e gli scultori del Seicento, come Giuseppe Ribera, Massimo Stanzione, Luca Giordano e Salvator Rosa. In San Pietro a Maiella, è a lui attribuita la "Cona" Marmorea sull'Altare, con il rilievo della "Deposizione di Cristo" e la scultura di San Sebastiano, nella omonima Cappella. Sempre sull'altare, è posto un Crocifisso ligneo (prima metà del '500) e due sculture raffiguranti "S. Giovanni Battista" e "l'Addolorata", sempre di artisti nell'ambito del Merliano; infine il Monumento a Colantonio Caracciolo. Del 1500 è l'altare in marmo in S. Lorenzo Maggiore, con le Statue di S. Lorenzo, S. Antonio e San Francesco, ed i sottostanti bassorilievi con le Vite dei Santi e vedute della Città (Certosa di S. Martino, Porta Capuana e Nolana). Nella Chiesa di San Giorgio Maggiore (incrocio via Duomo), eresse un pulpito (molto rimaneggiato) che, però, conserva sculture, rilievi e una Madonna con Bambino, dei Putti (opera datata primo '500), assegnata dai critici a G. Merliano e suoi collaboratori. In S. Giovanni a Carbonara, cappella dei Marchesi di Vico, eseguì nel 1547 la parte inferiore della Tomba Caracciolo in collaborazione dei vari: Santacroce, Caccavello, D'auria; il bassorilievo, l'Adorazione dei Magi, un San Pietro ed i puttini che adornano il Monumento del Caracciolo. In Santa Maria delle Grazie: la Tomba di Francesco Brancaccio, con la sua statua genuflessa, tra la Giustizia e la Prudenza; in collaborazione con il Caccavello, lavoro stimato molto pregevole. Nella prima Cappella a sinistra, il bassorilievo "La Deposizione", mentre nella sesta Cappella vi è la Statua di Galeazzo Giustiniani, della Scuola di Giovanni. Nella Sagrestia una statua della "Vergine con le anime purganti" (dopo il 1531). Aveva scolpito nell'antica Chiesa di S. Maria Intercede (piazza della Specola) un Mezzorilievo dell'Eterno, e sull'altare, una Statua di Santa Dorotea. Nella Chiesa di S. Giovanni Maggiore (I Cappella) un bassorilievo denotante il Martirio di Sant'Adriano, e, sopra, una Deposizione con 2 Santi (opera forse del Caccavello e Merliano insieme). Nella II Cappella, un "Battesimo di Cristo" ed ai lati i Santi Francesco d'Assisi e Giacomo della Marce, e, sopra, il Calvario. Nella Chiesa di San Giuseppe Maggiore (dei Falegnami), al Rione Luzzatti, aveva composto, nel 1530, in una nicchia sull'altare maggiore, un grande presepe in legno, ma restano solo due sculture: la Madonna e S. Giuseppe (la Chiesa fu demolita nel 1932); in San Pietro ad Aram, una tavola ad altorilievo sull'altare: la Vergine delle Grazie e le anime purganti, e nella III Cappella una Deposizione, bassorilievo (suo e del Santacroce); un'altare nella Chiesa di S. Angelo Maggiore. E' attribuita al Merliano anche la tomba di Andrea Bonifacio nella Chiesa di S. Sossio e Severino (tra il 1522 ed il 1530) "dove tre putti sollevano l'avello ed un quarto rialza il capo del giovinetto (morto a 6 anni)". La paternità di quest'opera è controversa: alcuni sono per Diego De Siloe, altri per Diego Ordonez e qualcuno fa anche il nome del Santacroce. Ma i veri capolavori del Merliano sono: "le Tre Tombe San Severino" (sempre in S. Severino e Sossio); i tre Monumenti sepolcrali eseguiti per la Contessa Saponara, in memoria dei figli immaturamente scomparsi (vittime di un crudele veneficio), nella crociera della Chiesa Nuova. Secondo Ferdinando Bologna, il Merliano eseguì solo il disegno di queste tombe, che furono opera della sua Scuola: Tenerello, Giandomenico D'Auria, Annibale Caccavello ed altri minori. Accanto è sepolta anche la madre dei tre sventurati giovanetti, Ippolita con una lapide che la ricorda. Nella Chiesa di Sant'Anna dei Lombardi eseguì uno dei paliotti d'altare; nella Cappella Liguori, Santa Maria Succurre Miseris; nella terza Cappella, la Flagellazione, in rilievo; nella quinta Cappella, la Statua del Battista; ed infine nella Cappella Origlia vi sono due "memorie", scolpita dall'Artista una eretta dagli Olivetani in onore di Alfonso II, l'altra a sinistra, a Curello Origlia, ambedue Fondatori e Benefattori del Tempio.

Giovanni da Nola.
Giovanni da Nola fu l'autore di artistiche fontane, si ricordano:
Fra le opere Nolane: l'Adorazione dei Magi, nella Chiesa di San Biagio (della Misericordia), un bassorilievo da molti attribuito alla Scuola del Merliano:

Eseguì altre opere (ormai scomparse) ed un Altare di cui restano un S. Giovanni Battista ed un San Gerolamo, conservate nelle stanze Vescovili, nel Duomo di Nola. La figura rappresentata in ginocchio porta una mantellina, trattenuta per il lembo dalla mano sinistra del Santo, mentre la destra stringe il pane.
Il Merliano, ormai in tarda età, compì un restauro nella Chiesa di San Patrizio a Napoli.
Morì nel 1558 (il Giustiniani, fissa la sua morte al 1560); riposò per sempre nella Chiesa di San Lorenzo Maggiore in Napoli. Sulla tomba (distrutta dagli eventi bellici, nel 1943), vi era una lunga epigrafe di Luigi Tansillo, che aveva cantato Giovanni da Nola in un sonetto:
Quando dopo mill'anni e mille lustri,
andran le genti ad onorar la tomba
Giovanni, ond'oggi il nome tuo rimbomba
Sovra quanti pur mai scrittori illustri
le glorie altrui più ch'altri con la tromba,
Diran pura per l'aria qual colomba
Voli tua fama, è 'l mondo corra a lustri
Lodando ammireran l'alta scultura
Che rende un marmo nudo via più caro
Di quanto gemme il mar tutto dar possa.
Ma vieppiù loderan l'alta ventura
del marmo che le stelle destinaro
ad esser tomba di sì nobil ossa.
Lo storico, critico di architettura, Luigi Catalani scriveva del Merliano: " da tal beneficenza influenza per le arti videsi tosto sorgere una schiera di valorosi architetti, tra i quali, Giovanni Merliano da Nola, Girolamo Santacroce ".
Ed il De Dominici: " e nobilitava la città di Napoli colla famosa strada chiamata Toledo, costruita colla direzione del Nostro Giovanni Merliano da Nola, del mentovato Viceré Don Pedro ".
Ed ancora: " Giovanni da Nola domina (traverso l'opera sua, quella di Annibale Caccavello, di Domenico e Gerolamo D'Auria suoi discepoli e consoci), tutta la scultura Meridionale Cinquecentesca ".
Nel luglio del 1989 furono esposte in una Mostra nella Certosa di Padula (Salerno) 6 statue di Pastori (policrome), provenienti dalla Chiesa della Madonna di Teggiano (Sa).
Queste statue, opera del Merliano, erano state ivi trasferite, poiché la Chiesa della Pietà era in fase di ristrutturazione.